Básicamente lo que necesité hacer fue volver a recrear el archivo que permite esta asociación y que me había desaparecido. Se puede volver a crear e incluir su contenido con el comando siguiente:
gksudo gedit '/usr/share/applications/openjdk-7-java.desktop'
En mi caso estaba todo en blanco porque como ya he dicho sencillamente no existía el archivo pero el contenido que debe de tener es el siguiente:
[Desktop Entry]
Name=OpenJDK Java 7 RunTime
Comment=OpenJDK Java 7 RunTime
Exec=cautious-launcher %f /usr/bin/java -jar
Terminal=false
Type=Application
Icon=openjdk-7
MimeType=application/x-java-archive;application/java-archive;applicatioon/x-jar;
NoDisplay=false
Con copiarlo dentro y salvar, ya se me restauró la asociación dado que antes ya existía, de lo contrario habría que seleccionar OpenJDK como la aplicación predeterminada para abrir este tipo de archivo y listo.
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